簡単そうなのでテスト環境にダウンロードしてやってみました。
『これで保存すれば透過完了です。』まで進んだのであれば「ファイル」メニューの「名前を付けて保存」で好きな名前をつけてOKすれば本当の完了です。
その画像ファイルと同じフォルダにあるGIF画像すべてを同じ色で透過GIFにしたい場合は「ファイル」メニューの「フォルダから一括処理」と進んで『変換画像」にフォルダを作成します』と聞いてきたら「はい」と答えて「ディレクトリの選択」で「変換画像」を選び、OKすれば変換画像フォルダに新しいGIFファイルが出来上がってます。
お小言:
フリーソフトを使うのであればインストールしたりする前に使い方の基本を調査してから行うようにしましょうね。
インストール不要なのにインストールと勘違いしているようでは、ウィルスなどの偽プログラムにやられちゃうかもしれませんよ。