MERGEを使わない方が早いです｡
ついでに言うと､｢1．ﾃｰﾌﾞﾙBのﾃﾞｰﾀを全て削除｣でﾃｰﾌﾞﾙBをDROPしてから再構築した方が早いです｡

前者ですね｡
理由としては､まずdropはﾃﾞｰﾀの件数によらず実行時間にほとんど時間がかからないため､実行時間は実質0秒とみなせます｡
従って本件の比較は､
AをBにinsertするのと､AをBにMERGEするのはどちらが早いかということになります｡

MERGEはBにinsertする際､同じﾃﾞｰﾀがないかどうかをまず検索して､あるならupdate､ないならinsertという動作を取ります｡

今回に限っては必要なﾃﾞｰﾀはAに含まれているので､検索という動作を行う分､後者のほうがｵｰﾀﾞｰが増加します｡

ｵｰﾀﾞｰの差分は件数が増えれば増える分増加するため､少ないﾃﾞｰﾀ数なら前者と後者に違いはありませんが､数百万件になると速度は目に見えて変化します｡