MD5とか，ﾊｯｼｭ関数で暗号化してｺｰﾃﾞｨﾝｸﾞすればOKです｡
手軽に実現したいのであれば，暗号化されたﾊﾟｽﾜｰﾄﾞをｿｰｽｺｰﾄﾞ中に埋め込む場合もあります(PHPのPukiWikiみたいに)
たくさんのﾊﾟｽﾜｰﾄﾞを格納する場合は，暗号化したﾊﾟｽﾜｰﾄﾞをﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ中に保管しておいて，DBに接続しないかぎりﾊﾟｽﾜｰﾄﾞが見えないように工夫します｡

ﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ起動時に設定ﾌｧｲﾙを読み込むようにして､その設定ﾌｧｲﾙの中にﾊﾟｽﾜｰﾄﾞやAPI keyを書けるようにする､ということを良くやります｡ｿｰｽ自体はgithubなど公開の場に出すことも多いので｡公開ｿｰｽにはﾀﾞﾐｰのｻﾝﾌﾟﾙ設定ﾌｧｲﾙを含めておいて､自分が実際に使うものはﾛｰｶﾙで自分だけが読めるようにして管理しておきます｡

設定ﾌｧｲﾙが取られたらﾊﾟｽﾜｰﾄﾞが漏れちゃいますが､そもそも自分の手元だけにあるはずの設定ﾌｧｲﾙが読み取られる状況ならsshの秘密鍵だって取られちゃう状況なので気にしても意味がないでしょう｡

暗号化してﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ内に書いておくというのは疑問です｡外部ｻｰﾋﾞｽにﾛｸﾞｲﾝするためのﾊﾟｽﾜｰﾄﾞならﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ内で復号してるわけですから､ﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑｿｰｽを手にした人は誰でも簡単に元のﾊﾟｽﾜｰﾄﾞに戻せます｡ｿｰｽを絶対に外に出さない､という自信があるなら平文で書いておいても一緒です｡

回答No.2の方が言うように､設定ﾌｧｲﾙが良いでしょう｡

ﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑ作方についてとのことですが､要件によってﾌﾟﾛｸﾞﾗﾑの作り方は変ります｡

回答No.1の方はﾌﾟﾗｲﾍﾞｰﾄで使用する場合とｻｰﾋﾞｽで使用する場合を言っていますね｡

しかし､値をﾊｰﾄﾞｺｰﾄﾞにするのは薦めません｡

ｺﾝﾋﾟｭｰﾀは､束縛からの開放によって発展してきたのですから､自由度を確保することが価値に繋がります｡