データ量はテラ単位であります。
Cドライブにあるファイルが、Dドライブにもある。(容量での整合性チェックでよい)と思っております。
http://technet.microsoft.com/ja-jp/magazine/ee872425.aspx
http://wimax.blog64.fc2.com/blog-entry-139.html
こちらが参考になると思いますよ。
FastCopy はいかがでしょうか。
http://ipmsg.org/tools/fastcopy.html
サイズと日付のみのチェックができます。
「リストアップ」というボタンがあり、複写動作無しでファイルの比較ができます。
こちらを参考にしてみてください。http://pctrouble.lessismore.cc/running/unrecognized_usbhdd.html