avidemuxもしくはaviutlを使ってみてはいかがでしょうか?
avidemuxはデフォルトでMP4に対応しておりすぐに編集が始められます。
今後、凝った編集をなさらないのであればこちらが簡単でシンプルに使うことができます。
aviutlはデフォルトではMP4には対応していませんが、aviutl自体の拡張性が高く、既にMP4読み込み・編集プラグインが公開されています。
今後、動画編集に興味を持たれたり、少し凝った編集をしたいのであればこちらをおすすめします。
Aviutlの導入方法は
http://www.nicovideo.jp/watch/sm20449687
を参考にしてみてください(ニコニコ動画アカウントが必要)。
下記のリンクを参考にして下さい。
http://www.gigafree.net/media/me/