テンプレートファイルの任意の場所にプラグインのテンプレートタグあるいは実行関数を記述して呼び出す以外に、アクションあるいはフィルターフックを利用する方法があります。
・プラグイン API
http://wpdocs.sourceforge.jp/%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%B0%E3%82%A4%E3%83%B3_API
・プラグインの作成
http://wpdocs.sourceforge.jp/%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%B0%E3%82%A4%E3%83%B3%E3%81%AE%E4%BD%9C%E6%88%90
・条件分岐タグ
http://wpdocs.sourceforge.jp/%E6%9D%A1%E4%BB%B6%E5%88%86%E5%B2%90%E3%82%BF%E3%82%B0
注: 条件分岐タグが使えるのは WordPress の posts_selection アクションフックの後のみです (wp アクションフックはこれらの条件分岐を使える最初のものです)。テーマの function.php 本文内 (関数の外) では正しく動作しません。
ログインのチェックという事ですので、「wp_head」を使うと良さそうです。(※「wp_head()」によりヘッダーを出力する際に実行されます。)
WordPressのテーマでは、「wp_head()」をheadタグ内で必ず利用するように決められています。(※実行タイミングは異なりますが、「wp_footer()」も同様ですので、フッター出力の際に実行させる場合は「wp_footer」が利用できます。)
・プラグイン API/アクションフック一覧/wp head
http://wpdocs.sourceforge.jp/%E3%83%97%E3%83%A9%E3%82%B0%E3%82%A4%E3%83%B3_API/%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%82%B7%E3%83%A7%E3%83%B3%E3%83%95%E3%83%83%E3%82%AF%E4%B8%80%E8%A6%A7/wp_head