ｱﾌﾟﾘｹｰｼｮﾝの面で言いますと､
iOSの場合はAppleの審査を通し､安全なものがｽﾄｱに並びます｡
それに対し､Androidの場合はGoogleに申請して数時間でｽﾄｱに並ぶわけですから､当然ｳｲﾙｽなどの悪質なものがある可能性があります｡
しかし､それは細かい制約がないために､iOSに比べて自由度の高い開発ができると言えます｡
ｾｷｭﾘﾃｨ面から見て見ましょう｡先述のｱﾌﾟﾘの審査を代表としてiOSは比較的強固なｾｷｭﾘﾃｨが築かれていると言えます｡ｳｲﾙｽ対策ｿﾌﾄがiOSにないのはこのためですね｡その分､Androidよりは自由度が落ちてしまいます｡
それに対しAndroidは最初は丸腰なのでｳｲﾙｽ対策ｿﾌﾄの導入が必須と言えます｡ですが､先述の通りiOSほどの機能制限をされていないため､｢こういう機能が欲しいな｣と思った時､割と解決しやすいです｡

ﾏｼﾝの性能に関して｡最新のiPhone6が､2年前のXperiaと似た性能だという指摘がありますが､iOSはそこまでの性能を追い求めずとも､高いﾊﾟﾌｫｰﾏﾝｽが実現できるということです｡(Androidの燃費が悪いと言ってるわけじゃありませんw
なので性能云々は気にしなくて良いと思われます｡

まとめますと､安全性と使いやすさならiPhone､
自分好みのﾏｼﾝを追い求めるならAndroid､といったところでしょうか｡

結構違いますね｡
自分は少数派も好きなので､
iOS･Android･WindowsPhone･FirefoxOSの4つで比較しましょう｡
まず､全体的にざっくりいうと
iPhoneとWindowsPhoneは安全性を重視｡比較的ｶﾝﾀﾝ｡
AndroidとFirefoxOSはｵｰﾌﾟﾝｿｰｽなので､自由性を重視しています｡

iPhoneはとにかくｾｷｭﾘﾃｨや安全性を重視します｡
FirefoxのiPhone版が出ない理由がこれで､Appleの成約が大きい｡
さらにｱﾌﾟﾘにも審査があります｡
ただそのかわり､ｳｲﾙｽなどが入りにくくﾊﾞｸﾞも少ないです｡
AndroidとFirefoxOSは自由性を全面に出しています｡
Androidはどんな機種やｱﾌﾟﾘも自由です｡
しかし､作者のﾐｽでﾊﾞｸﾞがあったり､端末の互換性がない場合もあります｡
自由にできる反面､基準がないので､どの機種でも作動するとは限らない｡
また､権限なんか表示されて各自で確認するようになってます｡
したがって許してしまえば個人情報を盗まれる可能性も高いです｡
AmazonのAndroidｱﾌﾟﾘｽﾄｱでは､審査がありますが､Google Playはありません｡
FirefoxOSとWindowsPhoneはそこそこｾｷｭﾘﾃｨも高いといえます｡
WindowsPhoneは8とUIが似ていて使いやすい｡
ただ､両方とも機種が少ないです｡