一応､この手の話は､弁理士会の各支部で平日午後は毎日無料相談してるので一度は相談したほうがよいです｡
意匠登録は､ﾛｺﾞではなく物品のｲﾝﾀﾞｽﾄﾘﾃﾞｻﾞｲﾝです｡
商標登録 がすでになされているかは､特許庁のｻｲﾄからたどれる､特許電子図書館http://www.ipdl.inpit.go.jp/homepg.ipdlで見ることができます｡
通常､ﾛｺﾞﾃﾞｻﾞｲﾝはよびかたにつき一社､基本は一種類しか登録できません｡一種類で十分だからです｡角ｺﾞの｢ｼﾞﾌﾞﾘ｣も､丸POPの｢ｼﾞﾌﾞﾘ｣もすべて宮崎さんの手書き｢ｼﾞﾌﾞﾘ｣ﾛｺﾞを登録してしまえば同時に保護されます｡(もちろん､大きく異なるﾛｺﾞｱﾚﾝｼﾞができたばあいは複数種類同一社で保持することもできます)
それ以前の問題ですが､呼称(よみかた)が似ているものが同じ分野ですでに登録されていると､登録できないばかりか訴えられます｡

さて､そのへんは実はﾃﾞｻﾞｲﾅｰではなく法務部が考えるべきことです｡普段､契約書つくってる人がやること｡あなたが考えろといわれて手落ちがあったら話がおかしくなりますよね｡(受注してるときに商標登録先願のことまでは面倒みられませんから､と一言いっておくといいとおもいます｡法律上の理由により再発注される場合でも､二回目のﾃﾞｻﾞｲﾝでは同額いただきます､とかね､取り決めはきっちりしたほうがいい)
あなたが考えるべきことは､ﾃﾞｻﾞｲﾝ時､商用ﾗｲｾﾝｽにしたがってﾌｫﾝﾄや素材を適切に使うか使わないか決めることです｡
もしも､そのまんまﾓﾘｻﾜﾌｫﾝﾄをつかって登録をしてしまうと､ﾌｫﾝﾄの｢ｼﾞ｣｢ﾌﾞ｣｢ﾘ｣がﾓﾘｻﾜでなくｼﾞﾌﾞﾘという会社に登録されてしまったことになり､法律上非常に不都合がおこります｡自社ﾌｫﾝﾄをｸﾗｲｱﾝﾄにつかわせたﾓﾘｻﾜがｼﾞﾌﾞﾘ法務に訴えられる､などというねじれた事態にもなりかねない…｡(ｼﾞﾌﾞﾘはそういうことはおそらくしないとおもいますが､警察の注目度が著作権＜＜＜商標権なのでそれをやられるとﾓﾘｻﾜはほんとうにこまります)
そのままのﾛｺﾞを登録に使うなといわれたなら､つかわない｡
著作権を守るためにも､注意書きをそのまま守ればよいのです｡
もちろん､既存ﾌｫﾝﾄを参考にして自作ﾌｫﾝﾄといえるものにすれば問題ありません｡
ﾒﾀﾙ系ﾊﾞﾝﾄﾞなんてみんな自作ﾌｫﾝﾄですよね｡ﾒﾀﾘｶとかﾍﾞﾋﾞﾒﾀとか｡
あなたもﾃﾞｻﾞｲﾝで金をもらおうというﾌﾟﾛなら元がﾓﾘｻﾜなのかなんなのか皆目わからない状態になるまで､ﾃﾞｻﾞｲﾝに凝りまくってください｡手抜きｺﾋﾟﾍﾟはﾀﾞﾒﾀﾞﾒ｡
もちろんｲﾗﾚなどﾍﾞｸﾀｰで納品したほうがよろこばれるでしょう｡ﾛｺﾞは拡大縮小ありますからね｡

最後に､たとえ話でｼﾞﾌﾞﾘを引き合いにだしてしまいましてｼﾞﾌﾞﾘ法務部さんすみません｡(手書きﾛｺﾞで一番最初に思いついたので)

®(®) は registered trade mark sign
日本語に訳すと登録商標記号になります｡

™(™) は trade mark sign
ﾄﾚｰﾄﾞﾏｰｸ(商標)記号ですね｡

両者は registered の有る無しが違うだけです｡
つまり前者は商標登録済み､後者は未登録という事です｡

wikipedia:商標
wikipedia:登録商標ﾏｰｸ


ﾓﾘｻﾜﾌｫﾝﾄについてはここにFAQがあり､
http://www.morisawa.co.jp/font/products/terms/commercialUse.html

Q6：
ﾓﾘｻﾜﾌｫﾝﾄを改変して会社のﾛｺﾞﾏｰｸを作成し､使用することは出来ますか？
A：
ﾓﾘｻﾜﾌｫﾝﾄを使用(改変を含む)して社名､ﾌﾞﾗﾝﾄﾞ名､商品名を表すﾛｺﾞ､ﾏｰｸ等を作成することは問題ありませんが､ﾃﾞｻﾞｲﾝ､意匠を含めた商標として登録することは出来ません｡

とあるのでﾛｺﾞとしての使用自体は問題ないみたいです｡
商標登録には使えません､とはっきり伝えておかないと､
後々ﾄﾗﾌﾞﾙの原因になりかねないとは思いますが｡