はてなﾌﾞﾛｸﾞに貼っている3,200件以前のﾂｲｰﾄも見れなくなるのでしょうか？

なりません｡Twitterのｻｲﾄやｱﾌﾟﾘから見られる過去のﾂｲｰﾄに上限があるとしても､別途に個別URLを参照しているものは大丈夫です｡

Twitterを記録したいのなら､Twilogを使うのが便利ですよ｡
http://twilog.org/

こちらもご参考に｡
http://appllio.com/how-to-download-all-my-tweets