ｴｯｸｽｻｰﾊﾞｰだとcronが途中で止まってしまうhttp://q.hatena.ne.jp/1432284272
雰囲気だけなんですが､この質問と似たようなｹｰｽなんじゃないかな､という気がします｡
その質問では､質問者の反応はないし､用語の使い方が怪しいので､詳しいところは分からないんですけれど､回答にある php.ini の max_execution_time を使い切ったというのはありそうな感じです｡
php のﾄﾞｷｭﾒﾝﾄだとはっきりとは書いてありませんが､実時間ではなく CPU の使用時間だと思います(sar で言うところの usr の時間)｡
質問で書かれているような処理だと､処理の大半は iowait で使われると思います｡
ﾄｰﾀﾙの処理時間 30分のうち､usr は 1分以内というのはありそうな感じだし､それをﾃﾞﾌｫﾙﾄの 30秒だと半分くらいしか処理できないというのもありそう｡
xserver では php.ini の設定を変えられるようなので､少し増やして様子を見てみたらどうでしょうか｡
https://www.xserver.ne.jp/manual/man_server_phpini_edit.php
http://www.xserver.ne.jp/manual/man_server_phpini_setting_item.php
