ルートに置くと相対パスで blog1 や blog2 が参照できてしまうので、思わぬ副作用があるかもしれません。ルート:Pukiwikiサイト└/blog1(WP)└/blog2(WP)└/Pukiwiki移転(WP)このように blog1 などと同じ階層で作成するのが良いでしょう。URL の階層を気にするのであれば RewriteRule で書き換えてあげれば良いと思います。