ﾛｸﾞｲﾝ時に自動的に起動されるｱﾌﾟﾘが悪さをしていないか調べてみたらいかがでしょう｡
ｼｽﾃﾑ環境設定の｢ﾕｰｻﾞｰとｸﾞﾙｰﾌﾟ｣で｢ﾛｸﾞｲﾝ項目｣に指定されているものはどうなっているでしょうか｡
怪しいものがあればいったんﾛｸﾞｲﾝ項目から外してみて､再起動時にどうなるか見てみるとか｡

こちらの例を見ると､ｵｰﾃﾞｨｵ系のｱﾌﾟﾘ｢VOX｣や｢iTunesHelper｣が問題を起こしていた場合があったようです｡
DesktopServicesHelper using 99.9% of my CPU. So... | Official Apple Support Communities

一度ﾒﾝﾃﾅﾝｽしてみてはいかがでしょう｡
有名どころですがOnyXをｵｽｽﾒします｡Titanium Software - Home

1. ｱﾌﾟﾘを立ち上げる時､ﾊﾟｽﾜｰﾄﾞ入力します(ﾛｸﾞｲﾝするときの)
2. 立ち上がってすぐ｢起動ﾎﾞﾘｭｰﾑの検証｣と出てきますが､後でまとめてやるのでｷｬﾝｾﾙしてください｡
3. 並んでいるｱｲｺﾝから｢自動処理｣を選んでください｡
4. ﾃﾞﾌｫﾙﾄの状態からｼｽﾃﾑｷｬｯｼｭにﾁｪｯｸを追加して､実行を押します｡
5. しばし待ちます｡
6. 終了したら再起動します｡

どうでしょう？