http://agehatype0.blog50.fc2.com/blog-entry-198.html
MP4はMPEG-4 規格 (ISO 14496-14)で決められた公式コンテナフォーマットの汎用拡張子です。
って事だから、「どういう仕組みで」の答えはISO 14496-14の通りになんじゃないの?
「どういう資料が必要」の部分は
https://unoh.github.io/2007/09/12/mp43gpp3gpp2.html
このページからリンクされてる
http://www.ftyps.com/
こんな資料なんかは必須だろうね
MPEG-2 TSファイルについても同じように資料があると助かります。