あくまでも個人的な好みの話です｡

svn の externals に対応する機能は､git では submodules だと思います｡
それらに､どんな利点を求めるかにもよると思うのですが､個人的には VCS (Version Control System) の範疇を超えていると思ったりします｡

依存するﾗｲﾌﾞﾗﾘのﾊﾞｰｼﾞｮﾝの違い､というと一見 差異が少ないような感じ設けますが､こういった質問が出るということは､そうでもないｹｰｽがままある､ということ｡
ものによっては､ﾒｼﾞｬｰﾊﾞｰｼﾞｮﾝが上がったら､考え方自体が丸っと変わったりすることもある｡
それは､もう､別のﾗｲﾌﾞﾗﾘとして扱った方が良いんじゃないかと｡

なので､複数のﾗｲﾌﾞﾗﾘ(ﾊﾞｰｼﾞｮﾝの違いを含む)を受け入れるものを作るなら､こんな戦略を取ると思います｡

• ﾗｲﾌﾞﾗﾘやﾊﾞｰｼﾞｮﾝの判定を入れて､ひとつのものとして取り込んでいく
• どうにもならないなら､ﾌﾞﾗﾝﾁを別にする(古い方はあまり更新されないはず

そのﾀｰｹﾞｯﾄにしてるものがﾗｲﾌﾞﾗﾘのﾊﾞｰｼﾞｮﾝがどうとか､を気にしたくないのであれば､依存するﾗｲﾌﾞﾗﾘのﾊﾞｰｼﾞｮﾝ差を吸収するﾗｲﾌﾞﾗﾘをかませて､それに依存するとか｡

VCS の機能の範疇外にしてあげた方が､VCS がまっとうに育つような気がします｡