Win98から2000へのアップグレードに関して注意するのは、今現在使用しているソフトやハードウェアがWin2000に対応しているかどうかです。
未対応のものは、メーカーのホームページなどから最新版のドライバなどをダウンロードする必要があります。
事前にメーカーのホームページなどを確認しておけばいいでしょう。
NTSFというのは、HDDをフォーマットする際のファイルシステムの一つです。
ファイルシステムにはFAT(FAT32)とNTSFがあって、現在の主流はNTSFになります。(FATは色々な制約があるため)
ちなみに、Win98ではFATタイプしか対応していません。
ですので、バージョンアップをする際にNTFSに変換を行えば大丈夫です。
ただしWin98などとデュアルブートにしたい場合は、FATのままにしておいた方がいいです。
デュアルブートはマルチブートとも言って、1台のPCに複数のOSをインストールして、PCを起動する際に、実行させるOSを選択させるようにするものです。
まあ、1台のPCに色々なOSを入れられるということです。
最近はWin2000対応のソフトが普通なので、わざわざデュアルブートにする必要性はあまり感じません。
一応、上のサイトでもバージョンアップ時の注意点が分かりますけど、Win2000発売当初の記事なので、少々古い感じがします。
でも、大体の感じはつかめるのではないでしょうか。