上のURLは、とりあえず参考意見として読んでください。私もデュアルブートのiBookユーザーですから、OSXを使っていると、OS9への比較はその通りだと思うような、でも、OS9でないとできないこともあるようなで...。複雑なところです。笑
さて、本題ですがデュアルブートというかOS9起動に関するしくみといっても大したことはありません。従来もMacは複数のシステム(フォルダ)を「起動ディスク」というユーティリティで選択して起動することができました(Appleは薦めていないのですが、一般的な使い方で...)。
OSXとOS9の起動の切り替えも、同じです。だから、OS9で起動した時に被るトラブルやセキュリティの甘さが、OSXの命取りになるので、Appleとしてはデュアルブートをやめたかったんだと思います。
ちなみに、上のURLはOS9からOSXへアップした方の経験談です。OSXとOS9併用の考え方がわかります。