なぜ拡張子で指定すると不都合なのか不明ですが。
明示的にフォーマットを指定する場合、convert コマンドではなく mogrify コマンドを使用するのがよいと思います。
mogrify コマンドの方にしかそのようなオプションがみつからないためです(バージョン 6.0.3)。
% mogrify -format jpeg -geometry 200x100 test.tif
こんな感じで変換できるでしょう。また、mogrify コマンドでは同時に複数のファイルを扱えますので
ワイルドカードを使って
% mogrify -format jpeg -geometry 200x100 *
のようにもできます。
ただ、私はいつもconvert を使っています。シェルスクリプトを組み合わせれば mogrify と同等かそれ以上の操作ができますので。
for original_file in `find . -type f -name ’*.tif’`
do
new_file=`echo $original_file|sed ’s/¥.tif$/¥.jpeg/’`
convert $original_file $new_file
done