再生医療と発生学とはひとくくりにはできないでしょう。
それぞれの大学で興味のある研究室は決まっていますか?
もし、再生医療の研究をお望みでしたら、どちらに入学したとしても大学院ではよそに進むことをオススメします。卒業研究では若干関係しそうな研究室を選ぶといいでしょうが、あまり関係ないかもしれません。(院試の勉強には役立つかもしれませんが)
1の方が紹介されている京大や理研CDBが有名ですし、研究を続けるにしても就職するにしても研究内容と関係のあるところに就職をお望みでしたら少なくとも修士は出ている必要があると思います。
学部での教育という面では教育学部と理学部では若干の差はあると思いますが、その後の大学院進学は自力での勉強にかかっていると思います。大学入学だけでその先の研究人生は決まりません。頑張ってください。
また、医師でなければ再生医療の研究ができないというものでもありません。(もちろんヒト、すなわち患者さんへの応用に関わることは難しいですが)
実際私の知人にも教育学部から医学系の大学院へ入学してきた大学院生がいます。
研究費や教授の評価などはおそらく(推測でごめんなさい)名古屋大学理学部の方が上でしょう。COEプログラムにも採択されていますから。
しかし、だから名古屋がいい、と言い切るのもどうかと思うので早稲田の研究室を見てみました。
たとえばこちらの研究室、血液幹細胞の研究も発生学の範疇でしょうか。それなりに良い雑誌に成果が掲載されています。
ただ扱っている動物がカエルでこの分野の研究となると若干マイナー感があります。
同じくカエルの性決定機構を研究されている先生もいらっしゃるようです。
こちらの先生は情報が古いですが、マウスの性決定やショウジョウバエ、ゼブラフィッシュなどの発生学を研究されているようですね。
ただ、再生医療にしても発生学にしても、学部時代にはそれだけを学ぶのではなく生物学としてもう少し幅広い知識を得ておくことが大事ですし、周囲の学生や他の分野の教官から受ける刺激の多様性という点では名古屋大学理学部の方が上ではないかと思います。
規模が大きければいいというものでもありませんが、理学部でなければ触れられない空気のようなものもあるように思います(私は理学部出身です)。