CMだけを自動的に抽出する良いツールはないでしょうか。
自分で作るしか無いと思います。まずCMカットの原理について説明します。
これは番組の普通の部分はモノラル。CMの部分だけステレオとなる番組があったとします。このときステレオ信号が流れている間録音しないようにする事で見かけ上CMカットできたようにしています。
もし自動化する装置を作る場合、これと逆の働きを持った装置を作るしかないでしょう。しかし、この原理ではステレオ放送の場合、全く録音されない場合があります。
以上の点より、全部録音しておいて手動で編集した方が良いと考えます。
手動でやるのならば上のToolが手頃で良いと思いますよ。
有名なソフトですので紹介しておきます。
これはPSPで見たい時などにお使い下さい。たしかMPEG4に出来たはずです。