URLはダミーですごめんなさい。
MP3からWAVへの変換では、元のMP3より音質が悪くなる理由としては、プログラムの不具合以外では、作成するwavファイルの仕様が元のMP3より悪いという場合が考えられます。
元のMP3の仕様は、MP3ファイルをマウスでポイントしながら右クリックしてプロパティを選び、概要タブを開いて詳細設定ボタンを押し、一番下の「オーディオ」項目で分かります。ビットレートはMP3をつくるときの音質に意味がある数字で、MP3をWAVに変換するときは意味がありません。チャンネルが1個はモノラル、2個はステレオの意味です。あるいは音声多重の意味の場合もあるかも知れません。オーディオサンプルレートはwavファイルに変更するときに同じ値に合わせた方がよいです。これを元のMP3より小さくすると音質が悪くなり、大きくすると音質は変わらずファイルが大きくなります。
で、MP3をwavに変換するときに開くJetAudioのConvertダイアログで、左下のOutput formatの右のConfigボタンを押して出てくるChoose WAV formatダイアログに、44100kHz(サンプルレート)、16ビット(これは高音質のためには8でなく16にすること)、ステレオ、と表示されるので確認してください。変更したいときはSelect WAV formatボタンを押してください。
これで元のMP3より音質が悪くなる場合は、プログラムの不具合も考えられると思います。私も試してみましたが、いい音に出来ましたよ。