http://seer.support.veritas.com/docs/263949.htm
VERITAS Backup Exec (tm) 9.1 for Windows Servers Administrator's Guide (Japanese)
URLは、会社で使用しているBackupExec 9.1のマニュアルをダウンロードできるページです。
リストアジョブを設定する際、「全般」オプションにある「セキュリティをリストアする」をチェックしておくと、バックアップ時のセキュリティ情報を復元してくれます。
今回は、リストア時にこのチェックを外してしまったのが原因と思われます。通常はチェックしたままで大丈夫でしょう。
他のバージョンでも同等のオプションがあると思いますので、マニュアル等を検索してみてください。
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;ja;308421
Windows XP でファイルまたはフォルダの所有権を取得する方法
上記URLはXPでの話ですが、2000でもAdministrator権限があればファイル/フォルダの所有権が取得できます(手順も変わらない)。
所有権を取得した上で、アクセス許可を設定し直してください。