改行コードはOSにより異なるので、動作環境を判別してコードを変えるなどの措置が必要かもしれません。(Windows: %0D%0A ; MacOS: %0D ; UNIX: %0A)
なお、私の環境はMacOS10.3ですが、MailとARENA(どちらもメールソフトの名称)では、どの改行コードでも正しく解釈します。OSの問題ではなく、メールソフトの問題です。
また、文字化けの件は、本文の内容をURIエンコードする事で解決しないでしょうか?私の環境では、UTF-8でURIエンコードするとメールソフトに上手く渡りましたが、これもメールソフトがどう解釈するかという問題かもしれません。