まず考えられる原因に、転送モードの問題があります。
フラッシュムービーファイルはバイナリでアップロードしないと
妙な所でファイルの終わりと判断されて、
正常に転送できなくなってしまいます。
FFFTPの場合はツールバーの「B」マークをクリックして
バイナリモードとしてから転送するようにしてみてください。
また、サーバによっては、特定の拡張子のファイルしか
アップロードを受け付けないように
セットされている場合があります。
この規制に引っかかっているかどうかを確かめるには、
FFFTPでしたら左窓のUPしたいファイル名を右クリック、
「名前を変えてアップロード(P)」を選択して、
ファイルの拡張子を .txt などの一般的な物に変えて送信してみます。
これで送信できるようなら、サーバがフラッシュムービーファイルの
ファイルタイプを拒否しています。
ただこの場合、それで諦めてしまうのは早計です。
アップロード済みファイルが見える右側の窓で
拡張子を変えてUPしたファイルを右クリック、
「名前変更(N)」を選択して拡張子を元に戻すことを試みてみます。
これが成功すれば、結果的にフラッシュムービーファイルが
アップロードできたことになります。
アップロードできないもうひとつの原因として、
ファイルサイズの問題があります。
もしアップロードしようとしているファイルが大きいようでしたら、
サーバの仕様を確かめてみてください。
何kb以上のファイルはアップロードできません、
といった制限が付いている場合が多々あります。
もうひとつ考えられる原因としては、
サーバに転送されているファイルの総数、あるいは合計容量が
サーバに設定されている限度を超えていることが考えられます。
この点もサーバの仕様をよく確かめてみてください。
こうした制限に引っかかってしまうファイルは、
別サーバを借りてそちらにUPして、HTMLのタグの中で
src= に http:// から始まる別サーバのファイルのURLを記述して、
それで乗り切るしかありません。
こうした「倉庫利用」的サーバの使い方は
たいていのサーバで禁止されていますから
使えるサーバを確保するのが大変ですが、
使っているISPの提供するHPスペースなどなら
かなり融通が利く所が多いと思います。
最悪の場合は、それで乗り切ってください。
ご健闘をお祈りします。