http://www.asahi-net.or.jp/~wv7y-kmr/note/2004-05.html
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今、手元にテスト環境が無いので実際に実現できるか分かりませんが、標準出力をクローズしてみては如何でしょう(Perlでは出来るのですが・・・・)。
http://ns1.php.gr.jp/pipermail/php-users/2003-April/015178.html
[PHP-users 14646]Re: PHPから、長時間かかる処理をバックグラウンドで呼びたい
あるいは別プログラムを作成し、systemコマンドで実行する方法もあるようです。