数十個のモジュールをアップロードする作業が頻発してます。
管理画面を開けて、逐次インストールをするのではなく、一括してインストールされた状態にするツールなどないでしょうか?
複数のモジュールをインストールしたものを何パターンかあらかじめつくっておくのはどうでしょうか?
http://sourceforge.jp/projects/xc-users/files/
の uniform server のように、windows ベースで簡単にXOOPS サイト構築できます。
XSAS だと
http://xoops.smej.com/modules/tinycontent0/
が有名です。
ただ、この方法は事前にインストールするモジュールがある程度パターン化している場合に手間が減るだけです。