確かにJR(私は西日本をよく利用します)の場合,「ドアを閉めます」とアナウンスする場合がほとんどですね。ちなみに,JR西日本では,車外放送設備(車掌によるホーム乗客へのマイク放送)のある車輌に乗務する車掌は,笛を使わずに,車外用マイクを使ってホームの乗客に「ドアを閉めます」という方式に変わっています。
(1)「ドアが閉まります」
(2)「ドアを閉めます」
(1)の「閉まります」は,「(誰が閉めるのか明確ではないが)間もなくドアが閉まります」という感じで,聞こえ方が間接的な印象を受けますね。
(2)の「閉めます」は,「(閉めるのはもちろん車掌で,)電車を動かすにはドアを閉めないといけなから閉める」というふうな(?)感じで,聞こえ方が直接的ですね。
個人的な印象ですが,駆け込み乗車に関しては,(1)のほうが許してもらえるような余地があるというか,してしまいそうなアナウンスで,(2)だと話して(車掌)の意志もあり,なんかやりにくそうな感じです。
私鉄では,例えば,近鉄は「扉が閉まります」と車掌や駅係員はアナウンスします。京阪は「ドアを閉めます」だったと思います。
地下鉄などの自動音声では「扉(ドア)が閉まります」ですね,自動詞を使っています。