今まで、主に PostgreSQL を使用してトランザクションを用いた開発をしておりましたが、MySQLに乗り換えるにあたり、MyISAM ではトランザクションが使えませんので、例えば1スクリプトで複数テーブルを更新するような際、データベースの一貫性をどうしても保てなくなってしまうと思います。
実際に運用されている方々は、この問題に対しどうしているのでしょうか。やはり適所で InnoDB を使いなさい、というのが正解でしょうか。
http://tech.blog.klab.org/archives/50160510.html
テーブルの一貫性ということであれば、
規模にもよりますが自分はMyISAMでテーブルロックを使っています。
しかし、現状のトランザクション処理をそのまま使用したいのなら、
やはりinnoDBを使うしかないと思います。