所轄庁に対する清算結了の届出の時において定款で判断されるので、
それまでに定款変更すれば、その指定先に帰属します。
ただし、定款で指定できる「残余財産の帰属すべき者」は限定されてますのでご注意ください。
(残余財産の帰属)
第三十二条 解散した特定非営利活動法人の残余財産は、合併及び破産手続開始の決定による解散の場合を除き、所轄庁に対する清算結了の届出の時において、定款で定めるところにより、その帰属すべき者に帰属する。
2 定款に残余財産の帰属すべき者に関する規定がないときは、清算人は、所轄庁の認証を得て、その財産を国又は地方公共団体に譲渡することができる。
3 前二項の規定により処分されない財産は、国庫に帰属する。
(定款)
第十一条 特定非営利活動法人の定款には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
十二 解散に関する事項
3 第一項第十二号に掲げる事項中に残余財産の帰属すべき者に関する規定を設ける場合には、その者は、特定非営利活動法人その他次に掲げる者のうちから選定されるようにしなければならない。
一 国又は地方公共団体
二 民法第三十四条 の規定により設立された法人
三 私立学校法 (昭和二十四年法律第二百七十号)第三条 に規定する学校法人
四 社会福祉法 (昭和二十六年法律第四十五号)第二十二条 に規定する社会福祉法人
五 更生保護事業法 (平成七年法律第八十六号)第二条第六項 に規定する更生保護法人
http://law.e-gov.go.jp/cgi-bin/idxselect.cgi?IDX_OPT=1&H_NAME=%9...