農産物流通は複雑化しており体系だって説明する自信はありませんが、可能な範囲でお答えします。私も勉強したいところ・・・。
(1)どのような流れ?
この図が分かりやすいと思います。
http://www.pref.kagawa.jp/nousei/santa/nozoku/ryuutsu.htm
米と青果物、畜産や花でも違いますが、私が説明しやすい青果物を例にとります。この図(下側)にいくつかルートがありますが、これまでのオーソドックスなルートは、農家が自分が属している農協(地域単位や作物単位)の集荷場に持ち込みます。この後、○○JAというブランドで、卸売市場に持ち込む(この間もいくつかルートがあるようです)。小売はこの市場から買い付けて店頭に並べるというルートです。卸売市場には、卸と仲卸がありますが、各地から集めた農産物を卸が仲卸に販売する構図です。
シェアは分かりませんが、大手小売(イトーヨーカ堂など)が直接○○JAや特定の農業者(の集まり)と契約し仕入れてくるルート(図の一番左の二本のライン)も目立つようになりましたね。ヨーカ堂のように扱う量が大きく継続して仕入れられる小売業者は、販売するJAや農業者にとっても魅力の筈です。
図の一番右端のラインが直販、右から二列目のラインが直売所(産直センター、道の駅)ですね。
因みに、卸売市場が関与する農産物流通の説明もご参考まで。
http://www.shijou.metro.tokyo.jp/about/
(2)農協での買取
これは農協によって変わってきていると思います。
ただ、これまでは外形(サイズ、形など)が主たる買取価格決定要因で、ご質問のように、味の違いや生産時のこだわりが個別に反映されにくかったと思います。なので、本当の意味で小売や消費者に評価され、それが適切な価格に反映されるという自信を持つ農業者は、農協から離れ独自の道を歩むことになってきています。
農協は、組合員の相互扶助のための組織ですので、突出する組合員だけ優遇できませんが、全体としては強くしたい。農協にとってはジレンマ状態だと思います。ただ、強い集団をつくるJAも出てきているように感じます。
農協の全体像
http://www.zenchu-ja.or.jp/profile/x.html