【方法はありません】
事前に何の準備もない場合は、完全にゴミを分別する汎用的手段はありません。というのも何がゴミで何がゴミで無いか自動判別する一般的な方法が無いからです。
何か疑わしいデーターがあったとしても、それがあなたが作った必要なデーターなのか、それともソフトが残したゴミなのか、はたまた別のソフトのものなのか等の自動判別は、できません。
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ただ、ソフト名、メーカー名、ブランド名、日付、ディレクトリ構造、レジストリ構造などをキーにして或る程度ゴミを探索する事はできます。しかしそれも一般的には完全安全確実というわけにはいきません。
Windows XPの場合、ファイル検索、レジストリ検索、システムの復元などを駆使することになるでしょう。しかしアンインストーラーが残したデーターに手をつけることは、一般的には危険を伴うことを意味します。
ただしソフトの情報があれば、インストール時の挙動の情報をネット等で調べて、ソフト固有のゴミ掃除が可能な場合があります。
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完全にアンインストールしたければ、仮想マシンなど、最初から完全に閉じた環境を用意しておき、インストールの影響が完全にその中に収まるようにしておくことが必要です。そしてアンインストールするときは、環境ごと削除して完了です。
ただし仮想マシンなどのセキュリティホールがソフトから突かれないことが前提です。
http://journal.mycom.co.jp/articles/2004/12/13/utility/001.h...
のようなソフトもあるらしいですが…
他には全データーを一度削除し、OSから再インストールをはじめてクリーンな環境を構築し直してしまう大技もあります。
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ソフトのアンインストールでゴミが残ることを知らなかったことから推察するに、taroemonさんはアンインストール後に残ったゴミには手をつけないほうがいいと思います。
しかし作業される場合は、万が一に備えてOSや各種ソフトの再インストールが可能であることを確認し、更にデーターのバックアップをとってからにしましょう。