まずは、「他のjarファイルに依存しているjarモジュールを実行するにはどうすれば良いか?」をご存知でしょうか?
ご存じなければ、Maven以前にそこを押さえるのが先だと思います。
(と言うか、アプリケーションの実行にMavenはあまり関係ないと思います)
要は依存する他のjarファイルをクラスパスに通せば良いわけですが、
クラスパスの設定方法にはいくつかの方法があります。
代表的な方法としては、以下の3つがすぐに思いつきます。
○CLASSPATH環境変数に追加する。
○実行時に、java -cpで指定する。
○JarファイルのマニフェストのClass-Pathで指定する。
これらの方法で、依存しているjarファイルをクラスパスに通せば動作するはずです。
maven2でクラスパスを指定する方法が
http://d.hatena.ne.jp/Syunpei/20060706/1152202170
に書かれていました。<addClasspath>true</addClasspath>と書き足してmvn packageしたところきちんとClass-Pathが指定されました。
勉強になりました!