http://www.verisign.co.jp/mpki/resources/pdf/customers/ufjtrustbank.pdf
https://www.evoting.tr.mufg.jp/evoting.html#Top_Of_Page
UFJ信託銀行は三菱信託銀行と合併して現在は三菱UFJ信託銀行となっています。信託銀行は上場会社の株式実務を代行します。その一環としてインターネットを利用した株主総会の議決権行使の運用も行ないます。こちらのサイトに掲載されている会社が該当します。
インターネットによる株主総会お取扱会社一覧
当社がお取り扱いしているインターネットによる株主総会の採用会社の一覧をご案内します。
http://www.necsoft.co.jp/case/pdf/09-eye.pdf
質問者さんは自前で株式事務を行なっている会社を想定されておられるのでしょうか。ほとんどの上場会社は信託銀行や証券代行会社に委託しています。質問者さんの意向と私の回答ではどの点で齟齬があるのでしょうか。
他に使っている企業(代行会社)があるかどうかです。上記PDFには、現時点ではないと書いてあります。回答するならその点も明記して欲しかったです。