USキーボードの配列になってるようですね。
http://www.pfu.co.jp/hhkeyboard/kb_collection/images/ibm101.gif
IMEの問題ではなくて、キーボードのドライバーが、USになってると思います。動作としては、正常ですが、キーの表示と違うので、お困りになるでしょう。システムが壊れてるとか、そのような重大な問題では、ありません。むしろ正常に動作していると考えられます。
どうしてこうなるのかは、キーボードの専門家でないとわからないでしょうが、日本語キーボードのコードが、デフォルトでUSキーボードの認証コードを出してるので、特に意識しないと、このようになります。インストールのときに、情報が出てくるのですが、よく見落としてしまいます。特に、JIS配列の場合、記号関係がUSと違います。
ドライバーがUSキーボードのものが、入ったんですね。日本語のキーボードドライバーを追加して、USキーボードドライバーを削除されれば、直ると思います。(ドライバーは、VISTAのCDに入っています)VISTAに限定されることではなくて、Windows95のころでも、起きていた問題です。デュアルブートなどを行う場合には、注意しておきたいポイントの一つです。