OKwave(教えてgooの本家)と人力検索はてなの両方で質問・回答の経験があります。
既に他の方が述べられていることと重なってしまう部分もあるかと思いますが、両方の体験に基づいて意見を書きます。
1.回答履歴・質問履歴について
はてなではユーザーの回答履歴・質問履歴の両方を閲覧することができますし、ウォッチリストを公開しているユーザーの場合には、そのユーザーがどのようなことに興味関心があるかがわかります。
よって、ある程度、本人の過去にした質問などを見た上で、回答者は回答できますので、より本人のほしい情報を提供することが可能となります。
OKwaveの場合は、回答履歴を閲覧することはできても、質問履歴を見ることはできません。
ので、本人の欲しい情報を提供できる可能性は減ってしまうと思います。
2.特定のユーザーからの回答を拒めるか
はてなでは、回答を開封する場合に、ポイントを消費するシステムになっています。
ユーザー名を見て、この人の回答を開きたくないと思えば、そのユーザーの回答を開かないことも可能です。
また、「この人から回答をされたくない」「一般的に評判の悪い人からの回答はイヤだ」と思えば予めそういう設定をすることが可能です。
OKwaveの場合には、特定の人からの回答を拒む、といった機能はありません。望まない人からの回答を拒否することはできませんし、他のユーザーからも閲覧できる状態になってしまいます。
3.回答者を評価するシステムについて
はてなの場合には、回答をすれば、全く相手の役に立たない回答をしない限り、たいていの場合はポイントが支払われます。
本当に役に立った!と思われれば「いるか賞」がつきます。
OKwaveの場合でも、役に立った場合には、良回答(20pとか10p)がつきます。
良回答の数が多ければ「ありがとうマスター」に名前が載ったりもします。
この「ありがとうマスター」にはカテゴリー別と月別、期間別などがあります。
1月にした良回答が一定以上になると抽選で商品がもらえるシステム、ありがとうマスターのカテゴリー別のトップになったりすると商品がもらえるシステムがありますが、あくまで「抽選」ですので商品をもらえる人はごくわずかです。
ありがとうマスターになるためにはそれこそずっとパソコンにかじりついていない限り無理です。
私自身は、無料だろうと有料だろうと回答する際手抜きの回答をしたことはないつもりですが、本音を言えば、やはりポイントがつくはてなのほうがモチベーションがあがります。
4.自動終了するかしないか
はてなの場合、質問投稿後1週間経過すると質問は自動で終了します。(1週間経過する前にユーザーが手動で終了することも可能です)
一方OKwaveの場合は、質問したユーザーが終了(締切)の作業をしない限り、いつまでも終了されない状態が続きます。
以前私が回答した質問の中では、2005年10月に質問されたものが未だに締め切られていないものも存在します。
余計なお世話かもしれませんが、回答した側としてはいつまでも締め切られないのは気になって仕方がありません。
返信がないものは解決したのかしなかったのかも気になります。
それと、はてなの場合、
・自分のブログ(はてなダイアリー)への誘導が可能であること
・質問が終了した場合、コメント欄でのやりとりも可能になることから、
質問終了後でもコメント欄やダイアリーを使用して、お互いに交流することで更なる解決案をやりとりすることが可能であるため、実際の解決に結びつく可能性もあると思いますが、
OKwaveの場合、自分のブログやサイトへの誘導はできない、質問終了後お互いにコミュニケーションをとる手段がありませんから、
質問者も今後どうしたらよいか、以前回答した人に連絡を取りたいと思ってもできない、
回答者側でも「その後どうなったのか気になる」と思っても連絡ができません。
唯一できるとしたら追加の回答があった場合に、回答をOKwaveのスタッフを通して掲載してもらうことぐらいでしょうか。
5.その他
はてなの場合、意見やアンケート的な質問をする場合、「いわし」を使うことが多いです。
最初についた意見と同意見の人がいた場合には、その下にぶら下がっていくシステムになっていて、その意見への賛同者が多ければそのツリーのポイントが多くなりますので、どういう意見への賛同者が多いのか、ポイントの多い少ないで明確になります。
勿論、人力検索でアンケート的な質問をしても構いませんが、ポイントを多く消費してしまうので、できればいわしを使ったほうがよいでしょう。
OKwaveの場合には「アンケートカテゴリー」以外での意見を募る質問はできません。
また、意見が沢山集まっても、それぞれが個別に回答をするため、どの意見への賛同が多いのか一度にはわからず、自分で統計処理をしなおす必要があります。
はてなには、いわしとは別に「アンケート」がありますが、OKwaveには「投票形式」のアンケートはありません。
なお、OKwaveの場合、無料のためユーザーが多いので、何か問題が起きると大騒ぎになってしまう可能性が大きいことから、規約違反の質問・回答・返信、質問ではない、回答ではない、という判断が下された場合には、すぐに問題部分の質問・回答の削除や編集がなされます。
まとめ
規約違反への対応が迅速、質問履歴が見られないためプライバシーがある程度保たれる、という意味ではOKwaveに軍配があがると言えます。
はてなの場合、
・質問履歴等を見ることができ、質問終了後でもコミュニケーションの手段があるということでより質問者が要求している回答を引き出せる可能性がある
・質問が自動で終了するため、その後のストレスがない、回答すれば若干ではあってもポイントがもらえるなどの理由から回答者自身のモチベーションが上がる
という利点があると思います。