Linux用の実装はちょっと先のようですが、今後は Adobe の Apollo というのも有力な選択肢になると思います。
Apollo とは Flash(Flex)でデスクトップアプリケーションも開発出来るようにしようという実行環境です。
今までのFlashアプリケーションがJavaでいうアプレットに当たるものとすれば、ApolloはJavaでいうローカルJavaアプリケーションに対応するものです。
FlashアプリケーションはActionScript3の登場で今ホットな話題だと思いますのでAppoloはその可能性をさらに広げる楽しげな技術だと思います。
http://search.hatena.ne.jp/search?ie=utf8&word=apollo
GTKの場合はCで開発することになりますか。
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いろんな言語から使えますよ。
http://www.gtk.org/bindings.html
Qt,Tk,wxWidgets等も同様。