追加です。
知識がなくて、ループになっていることに後で気がつきましたが、
(上記回答はその点で不備です、ごめんなさい)
今、nexco東日本に問い合わせたところ、自己申告制ということでした。
詳しくは、確認しないとわからないと言うことでしたので、
課金ゲートの有無がわかりませんが、なければ、糸魚川→能生の課金だけで行けてしまうのかも知れません。
詳しいことはお客様センターでも把握していないようでした。
どこかにループを防ぐ課金ゲートがあるかどうか、
ということが鍵ですね、回答になっていなくて、ごめんなさい。
ポイントは要りません。
高速道路は一度乗って降りるまで通しで請求されます。
ただし、東北道→外環道路→首都高速→東名高速→名神高速→三葉道路→九州自動車道
というように、別々な道路を乗り継いでいくと、それぞれのゲートで支払いが生じます。
具体的には上のリンクでシュミレーション出来ます。
今、高速道路にはETCの利用で割引が設定されていたりします。
深夜割引(全国) 深夜時間帯(0~4時)は最大3割引!ご利用距離に制限はありません。
通勤割引(東京・大阪近郊以外) 朝夕の通勤時間帯(6時~9時もしくは17時~20時)は100km以内の区間を最大5割引!
早朝夜間割引(東京・大阪近郊) 夜間から早朝までの時間帯(22~6時)は100km
というような割引もありますので、
少しでもお安くと言う場合は、色々シュミレーションをなさるといいかもしれません。
レンタカーを借りる場合はETCがついていても値段は変わらないのでETCつきをリクエストして、ETCカード(メインカードのおまけにつけるとタダのものもあります)を利用するのもとてもお得です。
ご参考になれば幸いです。