これはわたしも日々試行錯誤中の課題です。社内のITリテラシー次第というのはありますよね。
1.wiki
ほとんどの人が強い問題意識を持っていて技術習得を厭わない環境であればwikiが最強でしょう。
pukiwikiをオススメしておきます。
2.desknet'sもしくはサイボウズoffice
http://www.desknets.com/
http://cybozu.co.jp/
グループウェアは無料のものもありますが、とりあえずお金を出すならこれのどちらかを使っておけばいいのでは。
サイボウズガルーンはいまいち。デジエはデータを階層化したリレーションが作れないので、いろいろやろうとすると不満が出ます。
desknet'sの低料金ASPとしてはJ-MOTTOがオススメ
https://www.j-motto.co.jp/
3.backlog
http://www.backlog.jp/
普通に使えばバグトラッキング用のASPサービスですが、私はナレッジデータベースとして注目しています。
1プロジェクトであれば無料なので、社内で評価してみてから広げることもできます。
有料プランであればIPによる接続制限もできるのでセキュリティもOK。
wiki記法も使えるので、wikiなどにステップアップする慣らしとしても使えます。
4.adiary
http://adiary.org/
ちょっと趣向は違いますが、ファイル添付と検索機能が充実していれば、blogを情報共有に使うのもアリです。
tdiary系ですが、より環境の作りやすいperlで動くadiaryを押しておきます。
管理コストを考えると、ASPサービスを使うのがオススメです。ここでいろいろみてみてはいかがでしょう。
http://solution.itagent.ne.jp/