ウイルスやマルウェアではないようですが、私のバックアップスペース等にも勝手にフォルダを作られているのは気持ち悪くて気になるので止めさせたいと思います。
どんなソフトがこのファイルを作るか、ご存じの方はいらっしゃいませんか?
検索すると以下のようなソフトがありました。
http://scansnap.fujitsu.com/jp/feature/soft-1.html
「ScanSnap Organizer」は、PDFファイルおよびJPEGファイルを一覧表示し、整理するためのアプリケーションです。
http://scansnap.fujitsu.com/downloads/jp/jscan/manual/P2WW-1852-...
にある説明を見ると
ScanSnap Organizerは、表示性能改善のためにキャッシュデータを作成します。このキャッシュデータは、サムネイル表示可能なPDFファイルに対して作成され、PDFファイルが存在するフォルダに「.organizer」という隠しフォルダを作成し、その配下に配置されます。キャッシュデータはサムネイル表示したページ分だけ作成されます。本データを削除すると表示性能に影響がありますので、削除しないでください。
とのことです。