すでにテーブルのスキーマと、初期化データはSQLファイルとして存在しており、これもWARファイルの中に入れて、アプリの中からこれらのSQLを読み込みたいと思っています。
ちなみに、アプリケーションサーバはLinux上のWeblogic8.1SP5で、データベースはH2です。
■サーブレットをWEBアプリケーション開始時にロードする方法
http://www.hellohiro.com/servletwebxml.htm
Web.xmlの設定をそのようにして、
該当サーブレットのinitメソッドに初期化処理を書きます。