外国の会社(例えばパナマで設立された会社)が船を新しく建造して所有した場合、(異例かもしれませんが、)日本船籍を取ること(日本で船を登記して船籍登録をする)は出来るのでしょうか。
船舶法の規定からいうと、不可能ではないでしょうか。まず、下記条文を見てください。
「船舶法」
http://www.houko.com/00/01/M32/046.HTM
第1条 左ノ船舶ヲ以テ日本船舶トス
1.日本ノ官庁又ハ公署ノ所有ニ属スル船舶
2.日本国民ノ所有ニ属スル船舶
3.日本ノ法令ニ依リ設立シタル会社ニシテ其代表者ノ全員及ビ業務ヲ執行スル役員ノ3分ノ2以上ガ日本国民ナルモノノ所有ニ属スル船舶
4.前号ニ掲ゲタル法人以外ノ法人ニシテ日本ノ法令ニ依リ設立シ其代表者ノ全員ガ日本国民ナルモノノ所有ニ属スル船舶
こうして見ると外国法人が新造船を日本に発注・建造し、船舶検査法、船舶安全法等に則して検査を受けたとしても国籍証書は出ないと解釈するべきではないでしょうか。