インターフェースはブラウザを使うことを前提と考えています。検索対象はHTMLのファイルですが、事前にインデックスを作っておき、それに対して検索をかけるようなものを想定しています。namazuを使うか、xmlとjavascriptを使うか、どのような方法がいいのか悩んでいます。ご助言いただけると助かります。
namazuをお勧めします。
この種の全文検索は、ブラウザを利用するにしても、インデックス検索エンジンが必要になります。
その点でnamazuは、各種OS用にインデックス検索エンジンが移植されているので、汎用性が高いと思います。
将来、OSを乗り換えた場合でも、CD-ROMに書き込んだnamazuインデックスはそのまま利用できるでしょう。
下記のブログで、namazuを使ったCD-ROM検索インデックスの作り方を連載しています。ご参考まで。