a.gifがアニメーションで、b.gifが静止画とすると以下を実行すると、混じったような静止画ができます。(静止画同士であれば以下で問題なく合成できます。)
composite -compose over a.gif b.gif sample.gif
まずgifアニメーションのコマをばらばらにして
各コマに画像を合成し
再び連結してGIFアニメーションにする
という方法でどうかな、と考えて
かるくネットを調べてみましたが
最初の「コマを分割」する方法が見つかりませんでした。。。
以降のステップは下記を参考にしてみてください。
シェルスクリプトを使用して複数の画像に特定の画像を合成する
http://blawat2015.no-ip.com/~mieki256/diary/200411.html#20041127...
静止画像を重ねてGIFアニメーションにする
http://hooktail.org/computer/index.php?ImageMagick#content_1_5