シリアルATAのHDDは、OSなどが格納されているHDDですよね?
別のHDDをパラレルATA(IDE)接続するとありますがこのHDDはブランクですか?
異なる構成が記録されたHDDを投入するとシステムが非常に不安定になります。
ブランクHDDをIDE、光学ドライブをIDE、でOSを新規インストールして、ドライバーを入れれば問題なく動くかと。
http://q.hatena.ne.jp/1211561887
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