WindowsXP/Vista をご利用であれば、「music content inspector」というツールで重複検査ができます。
バージョンもOSも書かれていませんが、iTunes自体に「表示」メニュー>「重複するものを表示」コマンドがありますよ。
ただし、
・元の曲と、それのライブ演奏
・元の曲と、ベスト盤に収録されたトラック
などは、同じであってもなくても、同じ曲だとしてチェックされてしまう点には要注意。
http://www.apple.com/jp/itunes/
itunesのメニューで表示(V)-重複する曲を表示(W)
ででてきます。
iTunesを使えば重複曲がチェックできます。
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