WindowsXPでは初期の一部バージョンでプリインストールされており、Vistaではプリインストールされていない、という認識ですが合っていますでしょうか?
WindowsOSには2種類のJavaVMが存在しますが、
2種類のJava VMがあるのはなぜ? - 日経トレンディネット
プリインストールとのことなのでMicrosoft製JavaVMについて解答します。
以下のメーカ公式QA内の「Q. MSJVM は、どのバージョンの Windows に搭載されていますか? 」に書かれています。
XPの詳細はOS一覧の一番下に細かい情報が書かれていますので注意してください。
その他のMicrosoftのWindowsに対するJavaの情報は
Microsoft Java Virtual Machine (MSJVM) サポート
に書かれています。
次に普及率ですが。実際の率はわかりませんが状況だけまとめてみると、
・MS製JavaVMは上記のとおりのOSにしかプリインストールされておらず、
・Sun製JavaVMはほとんどのメーカ製PCでプリインストールされていません。
・JavaVMは有名なFlash等と違い、Webサイトでの使用率が低い為。
初心者が手軽にブラウザ上で1クリックインストールする確立が低いと想定されます。
これらを踏まえると、一般的なユーザを含めるとすればかなり普及率が低いと考えられます。
逆にインターネットをかなり使うユーザだけに絞ればインストールされている率はまあまあ高いと個人的には思います。