別々の画面でというのがちょっとはっきりしないので予断が入りますが、はてなダイアリーの表示モードは名前の通りどのように表示するかの設定で、受けたトラックバックを日毎にまとめて表示するか、エントリー毎にまとめるかの違いです。
表示モードが何モードであっても、編集フォームは日毎にまとめられ、1日の記事としてつながってしまいます。別に機能的不便は無いのですが、ちょっとすっきりしないですよね。
トラックバックの送信は、保存時にどのエントリーから送信するかを選択する事が出来ます。その日のエントリーが1つしか無い場合は自動的にそれがトラックバックを送信するエントリとして認識されます。
というわけで、まとめると別々の画面(フォーム)で編集する事は出来ないけど、トラックバックは別々に送信できます。
これは間違いですね。自動トラックバックでない場合は、必ず選択する必要があるみたいです。