すぐに思い浮かぶのは、アプリケーション・コンポーネントがJTAに対応していない、つまり、トランザクションを javax.Transaction.UserTransaction で書き換えることが難しいケースです。
そもそも commit していないコンポーネントは論外なのですが(MySQL接続では時々見かける)、サードパーティ・モジュール側でトランザクション制御しているようなケースに遭遇したことがあります。TomcatにはJTAが実装されていないためにサードパーティ製のトランザクション管理モジュールを導入していたケースで、この場合に JTA が適用できるかどうかは、case by case になってしまいます。
JBossに移行できればいいんですが、わざわざ移行するメリットがあるかと言われると、説得は難しいですね(苦笑)。