CRONかTimerTaskでそれを動かし、サイトのサムネイル作成して、
自サーバー上に保存したいです。
PHP、Perl等他の言語との連携でもかまいませんが、Javaのみで実装可能であれば、ありがたいです。
lobobrowserを使えばできます。
http://d.hatena.ne.jp/ruby-U/20080816/1218853445
Windowsの場合ですと.NET FrameworkのWebBrowserクラスを使って実装する方が良いと思います。