◎葛西臨海公園の大観覧車と人工の渚（江戸川区） 屋外につき雨天×
http://www.senyo.co.jp/kasai/
◎葛西臨海水族園（江戸川区） 雨天○
http://www.tokyo-zoo.net/zoo/kasai/
水族園はちょっと混むかもしれません。観覧車は、たぶんそんなに行列してないと思います。オススメなのは、人工の渚ですね。遊泳禁止ですが水際で砂遊びとかできますよ。ぬれてもいい服装でタオルなどお持ちください。足を洗う水道はあります。また、まわりは広い公園ですから、ボール遊びなど公園でできそうなことはたいていできます。
車は、公園の専用駐車場（有料）がとても広いので、まず確実に止められると思います。
◎行船自然公園（江戸川区・西葛西） 屋外につき雨天×
http://www.h4.dion.ne.jp/~a-papa/gyou.htm
ここは、動物園です。そんなに大きな動物園じゃないんですが、レッサーパンダ、オタリア、カンガルー、ペンギンなど、想像よりいろんな動物がいます。羊やモルモットなどとふれあえる場所もあります。入場無料なので、様子を見に行ってダメそうなら出ちゃうことも可能です（が、そこまで混んでないと思いますよ）。車ならば、葛西臨海公園までそんなに遠くはありません。
駐車場は、まわりに都営の駐車場（有料）があるはずです。たいてい止められると思いますよ。
◎夢の島の熱帯植物園 雨天△
http://www.yumenoshima.jp/
大温室に熱帯の花が咲き乱れます。大人だったらそこそこ楽しいと思うんですけど、3歳のお子さんはどうなのかな、と思います。ただ、ここもまわりは広い公園ですから、遊ぶ道具を持って行けば楽しいですよ。第五福竜丸が保存展示されているのも必見です。
駐車場は広いです。晴れてるとバーベキューをする人で混雑してますが、それでも止められなかった経験はないです。
温室だけで一日もたないと思うので、天気が悪かったらやめたほうがいいかも。
◎足立区生物園 雨天△
http://www.adachi.ne.jp/users/seibutu/
大温室に昆虫（南国の蝶が中心です）が放し飼いになっています。その日に羽化した蝶を温室に放つイベントもあります。虫が嫌いでなければ楽しめると思います。めっちゃくちゃ混雑してるということもない、と思います。
が、専用駐車場が狭いので止められない可能性が高いです。近くにコインパークがあることはあるんですが、わかりにくいかもしれません。
屋内なので大雨が降ってても大丈夫ですが、一日もつほど広くはないと思います。
◎上野動物園 雨天×
http://www.tokyo-zoo.net/zoo/ueno/
あまりにあたりまえすぎてどうかとは思うんですけど、お子さんを連れて行く場所としては外せないのであげておきます。もちろん混雑はしますけど、敷地が広いので人だらけでもうイヤだーとはならないと思います。あ、今はパンダはいません。トラとか、ゴリラとかの展示が面白いかなと思います。小動物とふれあえる子供動物園もあります。ここだけで一日楽しめるでしょう。
がっ、ここは駐車場が問題です。駐車場はあるんですが、混んでる時はほんとーーーーに止められません（平気な時はなんでもなく止められるんですけど……）。三連休なので混んでるかもしれないなあ。
◎国立科学博物館（上野） 雨天○
http://www.kahaku.go.jp/
ここも、特別展なんか見ないで、常設展示だけを楽しむつもりになれば、そんなにストレスなく楽しめると思います。が、やはりネックになるのは駐車場です。
◎江戸東京博物館 雨天○
http://www.edo-tokyo-museum.or.jp/
ここはですね、まあ混雑はしますが、常設展示だったら人ばっかりで何も見られませんでしたーとはならないです。江戸や東京の町を再現したような作りになっていて、まあ、それなりに楽しいです。ただ、お子さんが小さいので、どうかなーとは思います。
館の専用駐車場がありますし、まわりにコインパークもあったはずです。
いかがでしょう。
上記のような場所だと、なにか不都合がある、ということでしたら
ご遠慮なくおっしゃってくださいね。
次の回答者が参考にして探してくれると思います。
では、よい連休を！
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匿名質問者
立花真由美
混むかどうかは運次第なんですが、
混んじゃった時、水族園は屋内なのでかなり鬱陶しく、
何も見られなかったってなりがちです。