Strawberry PerlがPortable版を出してます。
http://strawberryperl.com/
ただしCDROMのコンテンツをCGIとして動かすならばウェブサーバが必要です。さらにAutoRun.infにウェブサーバを起動する記述が必要になり、かつWindowsで動作するCGIを動かすとなればサーバも限られます。
mongoose http://code.google.com/p/mongoose/
というポータブルなウェブサーバをCDROMに同根するという案もあります。
ただ一応、使用目的によってライセンス違反に値しないか確認しておいた方が良いかもしれませんね。
また手前味噌ですがtiny tiny httpdという小さなウェブサーバでも同様の事が可能です。
http://mattn.kaoriya.net/software/lang/c/20090729235933.htm
上記のウェブサーバの場合、CDROMのドライブレターを意識する必要があります。
PCによりDドライブだったりEドライブだったりするので、起動するPerl.exeがどの位置にあっても良いようにしておかなければなりません。
tiny tiny httpdの場合は関連付けられた拡張子でCGIを起動出来るオプションもありますので、もし mongoose で同じ事が出来ない様であれば tiny tiny httpd をお試し下さい。